网络系统发达的时代，由“决斗怪兽卡之父”贝卡斯·j·克罗佛多所创造的游戏——决斗怪兽，在sol技术公司的高度网络技术构筑『linkvrains(连接境智网(虚拟实境人工智能网络系统))』的vr空间中盛行，人们为那vr空间中全新的决斗体验而狂热。
　　但无论是在现实还是linkvrains中，无形的风暴正在酝酿着，命运的齿轮开始了大幅度转动……
　　而身处风暴核心的那个人，现实中是决斗学院的普通